五華工業區旁即是頭前溪支流鹿寮坑溪，環團多次監督抗議，不滿工業區廢水流入飲用水及灌溉水取水口上游，新竹縣政府曾規畫新建汙水處理廠，但因投入經費龐大，且汙水處理廠的整體效益有限，最後取消建廠。
新竹縣產發處指出，五華工業區是1977年5月依原獎勵投資條例申請編定的非都市計畫工業區（政府報編工業區），至今已超過40年，提升產業環境並讓傳統工業區轉型，是長久以來區內廠商和地方的心聲。縣府於2018年爭取中央前瞻建設經費辦理「五華工業區設置編定申請變更計畫案」，2019年、2020年曾兩度公告實施可行性規畫報告。
產發處表示，五華工業區設置編定申請變更計畫案第3次變更可行性規畫於去年5月31日開始啟動公聽會，過程中參考區內廠商及周邊居民建言，進行道路系統調整，未來排水用地也會兼具綠帶功能，歷經中央及縣府多次審議，今年10月30日獲經濟部同意核定。
產發處說明，最新公告的五華工業區，土地使用分區管制包括禁止半導體工業、重金屬製造業、汽機車製造業等高汙染產業進駐；新設廠房應自行規畫設置蓄水池或配水池，提高廢水回收率應達70%；產業用地臨道路側應留設1.5公尺供作喬木植栽帶及停車空間等。
產發處指出，芎林五華工業區面積約39公頃，工業區內現有廠商共27家，產業類別有食品、其他化學製品、橡膠製品、塑膠製品、非金屬礦物製品、基本金屬、電子零組件、電腦、電子產品及光學製品、機械設備、汽車及其零件等製造業及倉儲業等，期盼吸引更多優質的永續產業進駐，活化工業區並更加友善環境。
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